Основная масса греческого населения в до- и послереволюционный период проживала в Краснодарском и Ставропольском краях, Крыму, а также в Москве, Санкт-Петербурге, Астрахани, Таганроге. В местах компактного проживания греков существовали греческие национальные и поселковые советы, национальные районы. На греческом языке велось преподавание в школах и техникумах, издавались учебная и художественная литература, газеты и журналы. Широкое развитие получило народное греческое искусство, активно действовали фольклорные и театральные коллективы.
В ходе репрессий 20–50-х годов российские греки, наряду с другими народами, подверглись депортации в Казахстан и Среднюю Азию. При этом были ликвидированы национальные школы, театры, училища, газеты; физическому уничтожению подверглись лучшие представители интеллигенции.
Правовым основанием для депортации греков являлись постановления Политбюро ВКП(б) и СНК СССР, ведомственные приказы НКВД СССР. Так, согласно постановлению Политбюро ВКП(б) от 31 января 1938 года намечалось «...продолжить до 15 апреля 1938 года операцию по разгрому шпионско-диверсионных контингентов из греков (а также представителей других национальностей), как иностранных подданных, так и советских граждан, согласно существующих приказов НКВД СССР. Оставить до 15 апреля 1938 года существующий внесудебный порядок рассмотрения дел арестованных по этим операциям людей, вне зависимости от их подданства». В соответствии с этим в Краснодарском крае были проведены массовые необоснованные аресты российских греков по сфабрикованному обвинению в принадлежности к так называемой «Греческой контрреволюционной националистической повстанческой диверсионно-шпионской и террористической организации», якобы действовавшей на территории Греческого (ныне Крымского) района. Многие греки, проходившие по этому «делу», были приговорены к расстрелу.
В мае того же 1938 года Президиум Верховного Совета СССР принял Постановление о ликвидации 19 национальных сельских Советов Краснодарского края, среди которых были и греческие: Белореченский, Макопсинский, Витязевский, Просковейский, Крымский и др. В следующем году была издана Директива Наркомата обороны «О сроках и порядке призыва в РККА в 1939 г.», в соответствии с которой к категории социально-опасных призывников, наряду с представителями других национальностей, были отнесены и греки. Накануне войны, 12 мая 1941 года Государственный Комитет Обороны (ГКО) принял Постановление «О выселении иноподданных из Краснодарского края и Ростовской области» с целью «очищения пограничных районов государства от нерусских народов ввиду неверия в их благонадежность», под действия которого подпадали и греки. 29 мая 1942 года ГКО своим постановлением (№ 1828) расширяет границы территорий, из которых должны были выселяться «социально опасные» лица, в частности греки. 10 января 1943 года постановлением ГКО предписывалась демобилизация из рядов действующей армии подозреваемых в неблагонадежности представителей ряда национальностей, в том числе греков, и отправка их в места спецпоселений ранее депортированных родственников. Постановлениями ГКО от 12 мая (5859) и 2 июня (5984) 1944 года греки насильственно выселяются из Крыма. 22 июня 1949 года Совет Министров СССР принял постановление об «очистке Черноморского побережья (Краснодарский край) от политически неблагонадежных элементов», в том числе греков. Переселение осуществлялось в основном на Урал, в Сибирь, Казахстан, Среднюю Азию и другие восточные регионы страны, где лишенные средств к существованию греки испили до дна горькую чашу необоснованных обвинений в предательстве и измене.
Общее количество греков, подвергшихся различным видам репрессий и депортации, по приблизительным данным, составило около 300 тысяч человек.
В марте 1956 года Указом Президиума Верховного Совета СССР «О снятии ограничений в правовом положении с греков, болгар, армян и членов их семей, находящихся на спецпоселении» была осуществлена частичная правовая реабилитация репрессированных греков, позволившая вернуться в родные края части депортированных, большинство же из них вынуждено было остаться проживать в местах своей ссылки.